Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) yang sekarang sudah beralih status menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pontianak dikembangkan berdasarkan cita-cita mulia di kalangan akademisi dan cendekiawan muslim untuk membangun dan mewujudkan generasi umat muslim yang benar-benar mampu membawakan citra Islam yang sejati, yang mencerminkan universalitas dan signifikansi Islam di tengah-tengah kehidupan umat manusia yang mendambakan kesejahteraan lahir-batin, kebahagiaan dunia-akhirat. Generasi yang ingin diwujudkan memiliki pula kecakapan membangun peradaban dengan berpegang teguh kepada prinsip-prinsip hidup yang wajar dan unggul, seperti keadilan, kebenaran, kebaikan, kedamaian, keteraturan, kenyamanan, persamaan, pluralitas, dan toleransi. Dalam konteks pendidikan, pencerminan Islam ter­sebut teraktualisasikan pada profil kepribadian muslim ideal yang seimbang antara aspek intelektualitas dan aspek moral-spiritual, sosial dan individual, dan mengabdi kepada agama, masyarakat, dan bangsa secara kreatif dan penuh tanggungjawab.

Paling tidak ada tiga alasan strategis yang mendasari, yaitu: alasan ideologis, alasan filosofis, dan alasan sosio-psikologis. Secara ideologis, Islam merupakan agama serba mencakup (all-suficient), yang utuh holistik, dan universal. Oleh karena itu, tidak selayaknya ada pemisahan antara ilmu agama dan ilmu pengetahuan umum, seperti halnya yang berjalan di dunia pendidikan saat ini, termasuk di dalam penyelenggaraan pendidikan di PTAIN. Atas dasar pandangan dunia Islam yang integrated dan holistik, maka pembukaan Pascasarjana Program Studi Pendidikan Agama Islam dipandang sebagai kebutuhan yang mendesak.

Alasan filosofisnya adalah pengembangan kepribadian manusia harus dilakukan secara komprehensif dan integral, meliputi aspek intelektual, spiritual, akhlak, dan profesional. Alasan sosio-psikologisnya adalah adanya kesan dan ini akibat perlakuan atas pendangan dunia Islam secara sempit bahwa lulusan PTAIN selama ini hanya dibekali kemampuan berpartisipasi di bidang pendidikan agama, pengembangan bidang agama. Mereka memang tidak dibekali kemampuan dan keterampilan menjalankan fungsi-fungsi sosial yang lebih luas. Kehidupan masyarakat dalam kenyataannya tidaklah sederhana, dan ada kecenderungan semakin menunjukkan kompleksitasnya. Oleh karena itu, secara tidak terelakkan, diperlukan upaya terencana untuk mengembangkan generasi muda yang memiliki kompetensi tertentu untuk membimbing masyarakat serta membantunya dalam memecahkan berbagai persoalan hidup, mulai dari yang paling praktis hingga yang bersifat sangat intelektual.

Mengingat pentingnya aspek kecerdasan intelektual diintegrasikan dengan kecerdasan emosional dan kecerdasan spiritual, maka IAIN Pontianak sebagai Perguruan Tinggi Islam Negeri membangun kerangka Pengembangan keilmuan, akademik, dan kelembagaan yang selaras. Pengembangan ilmu pengetahuan yang dijejak oleh IAIN Pontianak dalam hal ini Pascasarjana adalah berupa ilmu pengetahuan berbasis Islam (Islamic based-knowledge) dalam pengertian luas, yakni ilmu pengetahuan yang tumbuh dan berkembang berdasarkan ayat-ayat kawniyah (alam semesta yang secara epistemologis dijangkau dengan instrumen observasi, eksperimentasi, dan penalaran logis) dan teks ayat-ayat qauliyah (al-Qur’an dan al-Hadits). Secara akademis, Pascasarjana IAIN Pontianak menekankan sistem akademik yang relevan dan kuat untuk mendukung terwujudnya pengembangan ilmu pengetahuan sebagaimana dimaksudkan serta mewujudkan generasi muda yang memiliki kepribadian, kemampuan, dan kete­rampilan yang dibutuhkan untuk pengembangan masyarkat menuju kemajuan dan kesejahteraan.

Upaya pengembangan kelembagaan telah dilakukan IAIN Pontianak, bahkan sejak masih berstatus Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah Cabang Pontianak. Hal tersebut terbukti dengan dibukanya Jurusan Syari’ah dan Jurusan Dakwah. Hingga saat ini, IAIN Pontianak telah memiliki  3 (Tiga) Fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (FTIK), Fakultas Syariah dan Ilmu Ekonomi Islam (FSEI) dan Fakultas Ushuluddin Adab dan Dakwah (FUAD). Pada tahun 2011, ketika IAIN Pontianak masih berstatus  STAIN Pontianak memperoleh izin pembukaan Program Pascasarjana berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.I/806/2010 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi  Strata Dua Pendidikan Agama Islam Pada Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pontianak Tahun 2010.

Dalam sejarah singkat ini perlu disampaikan proses usulan hingga terbitnya izin operasional Dirjen Pendis:

Usulan pembukaan Program Pascasarjana STAIN Pontianak dengan landasan akademik seperti yang dipaparkan di atas telah melalui proses panjang sejak tahun 2007, yaitu melalui musyawarah di tingkat pimpinan dan anggota Senat STAIN Pontianak, dilanjutkan dengan pembentukan tim yang bertugas melakukan studi kelayakan dan mempersiapkan berkas usulan dengan naskah akademiknya untuk disampaikan kepada Menteri Agama RI melalui Dirjen Pendis dan Direktur Diktis Dep. Agama RI di Jakarta pada tahun 2008. Setelah melalui berbgai proses, usul tersebut mendapat respons positif dari Dirjen Pendis Dep. Agama RI dengan dilakukannya visitasi oleh tim yang ditunjuk oleh Dirjen Pendis, yaitu bapak Dr. Juanda dan Prof. Dede Rosyada, MA. Hasil visitasi tersebut merekomendasikan pembukaan PPs. STAIN Pontianak. Sebagai tindak lanjut dari hasil visitasi tersebut, STAIN Pontianak melalui timnya yang dipimpin oleh Dr. Hermansyah harus mempresentasikan usulan tersebut di hadapan tim penilai di Kementerian Agama RI.

Setelah melalui berbagai upaya baru kemudian usul tersebut diterima dan di­izinkan dengan dikeluarkannya Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.I/806/2010 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi  Strata Dua Pendidikan Agama Islam Pada Sekolah Tinggi Agama Islam Ne­geri (STAIN) Pontianak Tahun 2010.

Sebagai ungkapan rasa syukur segenap civitas akademika, maka segera pada tanggal 29 Desember 2010 dilakukan launching PPs. STAIN Pontianak yang diresmikan oleh Gubernur Prop. Kalimantan Barat yang diwakili oleh Sekretaris Daerah Prop. Kalimantan Barat. Sejak itu upaya untuk mempersiapkan operasional dan membenahi PPs. STAIN Pontianak terus dilakukan.

Dasar Hukum Pendirian Pascasarjana IAIN Pontianak

1. Pascasarjana IAIN Pontianak secara resmi berdiri pada tahun 2010 berdasarkan SK Dirjend PENDIS  Kementerian Agama RI Nomor: Dj.I/806/2010 tentang izin penyelenggaraan Prodi. Srata Dua Pendidikan Agama Islam dan selanjutnya diterbitkan perpanjangan izin operasional melalui SK. Dirjend  PENDIS  Kementerian Agama RI Nomor: 391 tahun 2013.
2. Pascasarjana IAIN Pontianak yang masih itu masih STAIN Pontianak telah terakreditasi “B” oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Berdasarkan SK Nomor: 193/SK/BAN-PT/Ak-XI/M/IX/2013.