Pembukaan program studi magister pendidikan bahasa Arab (MPBA) Pascasarjana IAIN Pontianak mulai direncanakan pada awal tahun 2020. Dr. Rahmap, M. Pd selaku dosen senior Bahasa Arab di IAIN Pontianak yang pada saat itu menjabat sebagai ketua program studi magister Pendidikan Agama Islam Pascasarjana IAIN Pontianak melakukan diskusi dengan beberapa dosen senior yakni Dr. Sahrani, M. Pd, Dr. Moh. Yusuf Hidayat, M. Pd dan Abd. Hamid, M. Pd selaku ketua Alumni Pendidikan Bahasa Arab S1 IAIN Pontianak priode 2018 s.d 2021 untuk mempelajari mekanisme pengusulan program studi baru pascasarjana. Hasil dari diskusi tersebut, maka dibentuklah tim penyusunan borang pengajuan program studi MPBA yaitu: Dr. Ismail Ruslan, M. Ag, Dr. rahmap, M. Ag, Dr. Sukino, M. Pd, Dr. Moh. Yusuf Hidayat, M. Pd, dan Syamsul Hidayat, M.Ag.
Seiring berjalannya waktu, proposal pengajuan program studi MPBA yang ditargetkan selesai pada akhir tahun 2020 tidak sesuai dengan yang diharapkan karena beberapa faktor sehingga pengajuan program studi MPBA belum bisa dilakukan pada tahun tersebut. Pengusulan program studi MPBA baru bisa dilaksanakan pada bulan Mei tahun 2021 melalui https://diktis.kemenag.go.id/akademik/prodi/ dengan mengupload boran MPBA dan berkas-berkas lainnya. Seiring berjalannya waktu, pada tahun 2021 direktur pascasarjana IAIN Pontianak mengalami perubahan yang sebelumnya Dr. Ismail Ruslan, M. Si dilanjutkan oleh Prof. Dr. Zaenuddin, MA sebagai direktur pascasarjana priode 2021-2024.
Pada masa kepemimpinan Prof. Dr. Zaenuddin, MA, ia menindaklanjuti pengusulan program studi MPBA dengan cara melakukan konsultasi dengan pihak kemenag RI. Selain itu, direktur pascasarjana didampingi oleh Firmansyah, M. Pd dan Surianto, M.Th. I juga melakukan konsultasi pada Prof. H.M. Sirozi, M.A., Ph.d salah satu asesor pengusulan prodi baru yang pada akhirnya disarankan untuk memperbaiki borang dan diuploud kembali. Saran tersebut ditindaklanjuti oleh direktur pascasarjana dengan memperbaiki borang MPBA dan diuplod kembali pada 30 Mei tahun 2023.
Pada tanggal 4 Desember 2023, Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Arab IAIN Pontianak memperoleh surat izin penyelenggaraan prodi baru yang ditetapkan oleh Kemenag RI an. Direktur Jendaral Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam dengan nomer surat B-26/DJ.I/Dt.I.III/HM.01/01/2024. Sebagai tindak lanjut dari surat izin penyelenggaraan tersebut, maka pada tanggal 24 Januari 2024, Rektor IAIN Pontianak Prof. Dr. H. Syarif, MA melantik Dr. Moh. Yusuf Hidayat, M.Pd sebagai Ketua Program Studi MPBA, dan Firmansyah, M.Pd sebaagi sekretarisnya priode 2024-2027.
